Accueil Santé Quelle est la transmissibilité du SRAS-CoV-2 chez les résidents des États-Unis ?

Quelle est la transmissibilité du SRAS-CoV-2 chez les résidents des États-Unis ?

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Dans une étude récente publiée sur le site Web de l medRxiv*, les chercheurs ont estimé le nombre de reproduction de base spécifique à la région (R0) pour les MSA (zones statistiques métropolitaines) des , sur la base d’une modélisation compartimentale avec des données de surveillance reproduites du coronavirus du syndrome aigu sévère 2 (SARS-CoV-2).

Étude : Contagiosité différentielle des maladies respiratoires à travers les États-Unis. Crédit image : Evgenia.B/Shutterstock
Étude : Contagiosité différentielle des maladies respiratoires à travers les États-Unis. Crédit image : Evgenia.B/Shutterstock

Les efforts de surveillance de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) aux États-Unis ont fourni des informations précieuses sur la dynamique de transmission du SRAS-CoV-2 dans le pays. Plusieurs régions des États-Unis ont été simultanément touchées par un seul pathogène (SRAS-CoV-2) au début de la pandémie de SRAS-CoV-2. Par conséquent, la comparaison des données régionales COVID-19 R0 pourrait élucider la manière dont les caractéristiques de la population de différentes zones se rejoignent pour déterminer la sensibilité différentielle au SRAS-CoV-2.

La transmission initiale d’un agent pathogène causant une maladie transmissible dans une population spécifique peut être quantifiée sur la base du R0 qui fournissent le nombre attendu de nouveaux cas de COVID-19 générés par une personne infectée dans une population sensible, en fonction des propriétés de l’agent pathogène responsable et de la population. Les auteurs de la présente étude ont précédemment développé un modèle d’analyse compartimentale capable de reproduire les données quotidiennes du nombre de cas d’infection par le SRAS-CoV-2 pour les 15 MSA américaines les plus peuplées et les 50 États américains.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont utilisé le modèle qu’ils avaient précédemment développé pour estimer le taux régional de COVID-19 R0 pour 280 des 384 MSA américaines, représentant respectivement 95% et 82% de la population américaine résidant dans les régions urbaines et de la population totale.

Une approche basée sur un modèle compartimental a été utilisée pour l’analyse, pour laquelle une population homogène est nécessaire. Pour déterminer si la transmission du SRAS-CoV-2 est plus homogène dans les comtés ou les États de la MSA américaine, trois mesures de variabilité (coefficient de Gini, distance de Wasserstein-1 et facteur de Fano) ont été utilisées pour évaluer la variabilité des taux d’incidence du COVID-19 par semaine (c’est-à-dire le risque d’infection par le SRAS-CoV-2 sur sept jours).

Le modèle compartimental a pris en compte la période initiale de NPI (interventions non pharmaceutiques)/distanciation sociale, pendant laquelle une partie des individus a adopté des comportements d’évitement de la maladie. En revanche, les autres individus se sont engagés librement dans des activités sociales sans prendre de précautions pour la prévention du COVID-19.

Les trois mesures de variabilité ont été tracées en fonction de la semaine épidémiologique pour les ZSM choisies et les états qui se chevauchent. Les histogrammes des mesures de variabilité moyennées dans le temps pour les MSAs et les états de plusieurs comtés ont été analysés. Pour chaque MSA, l’approche d’inférence bayésienne, rendue possible par la procédure d’échantillonnage MCMC (Markov chain Monte Carlo), a été appliquée pour dériver la valeur maximale de la variabilité. a posteriori (MAP) R0 qui sont équivalentes aux estimations du maximum de vraisemblance.

Les mesures de variabilité ont été calculées pour la semaine épidémiologique 5 à la semaine 52, correspondant à la période entre le 26 janvier 2020 et le 26 décembre 2020, pour les MSA et les 50 États comprenant plusieurs comtés en amalgamant les comptes quotidiens des infections confirmées de SRAS-CoV-2 au niveau du comté. Pour les évaluations de la variabilité, les données ont été obtenues auprès de Le Times-Dépôt public GitHub maintenu à jour.

Résultats

Les ZSM identifiées avec le plus grand nombre de comtés étaient Atlanta (n=29 comtés), Washington (n=25 comtés ou équivalents comtés), New York City (NYC, n=23 comtés ou équivalents comtés) et Virginia Beach (n=19 comtés ou équivalents comtés). Le R0 se situent entre 1,9 (pour la MSA englobant Appleton, Wisconsin) et 7,7 (pour la MSA englobant Detroit, Michigan) pour la susceptibilité régionale relative à la transmission du SRAS-CoV-2.

Les valeurs disparates de R0 indiquent que les caractéristiques de la population qui ont contribué à la propagation initiale du SRAS-CoV-2 étaient géographiquement hétérogènes et se sont combinées pour produire une contagiosité du SRAS-CoV-2 >4 fois. Les mesures de variabilité étaient inférieures pour les MSA par rapport à celles des États qui se chevauchent.

Pour les trois mesures de variabilité, les histogrammes des MSA présentaient des décalages vers la gauche par rapport à ceux des États, ce qui indique que les risques de transmission du SRAS-CoV-2 au niveau des comtés présentaient une plus grande homogénéité pour les comtés américains des MSA que pour ceux des États. Les paramétrages du modèle spécifique à la région se sont avérés cohérents avec les données de surveillance du SRAS-CoV-2 des MSA américaines présentant >200 cas cumulés de COVID-19 documentés avant le 21 mai 2020, et ≥5 nouveaux cas d’infections par le SRAS-CoV-2 un jour donné au cours de la période comprise entre le 21 janvier 2020 et le 21 juin 2020. Ces critères ont été remplis par 280 MSA américaines.

Dans l’ensemble, les résultats de l’étude montrent que la contagiosité du SRAS-CoV-2 varie du simple au quadruple dans les régions urbaines des États-Unis. Ces résultats pourraient contribuer à atténuer les futures épidémies de maladies pulmonaires, car il a été constaté que quelques régions urbaines étaient beaucoup plus sensibles que d’autres à la transmission rapide du SRAS-CoV-2.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et qui, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, ni guider la pratique clinique/le comportement en matière de santé, ni être traités comme des informations établies.

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